Une éducatrice œuvrant dans un lycée pour adolescents délinquants est sauvagement assassinée chez elle. L’affaire fait grand bruit et ravive la polémique sur l’existence de cet établissement, compliquant le travail de la commissaire Cassandre et son équipe. Défendant les institutions, la procureure Evelyne Roche fait tout pour que le lycée ne soit pas mis en cause, mais les éléments de l'enquête ne cessent d'y converger…
Habituée à son quotidien de commissaire de police au 36 quai des Orfèvres à Paris, Florence Cassandre prend ses nouvelles fonctions à Annecy pour se rapprocher de son fils. Elle doit s'adapter à une équipe qui ne l'attend pas, à un monde où les voisins se connaissent depuis plusieurs générations et où les nuits à la campagne sont silencieuses. Pourtant, les crimes de sang qui se commettent à Annecy et sa région n'en sont pas moins intrigants et complexes...
Le quotidien de la famille Le Kervelec, rythmé autour de trois générations : les grands-parents Jacques et Brigitte, leurs filles Marjorie et Roxane, et leurs petits-enfants, les ados Antoine et Chloé et les jumeaux Hugo et Diego.
En vacances avec Sully, Brennan est rappelée pour enquêter sur la mort d'une jeune asiatique évidée de ses os. Booth retrouve alors l'ancien petit ami de la jeune femme, collectionneur de chinoiseries, et plonge avec Brennan dans l'univers des coutumes ancestrales orientales...
Après la rupture d'une conduite d'eau à proximité d'un cimetière, Brennan doit identifier les dépouilles éparpillées. Pourtant classé site historique depuis les années cinquante, ce lieu funéraire contient le corps d'un homme, enterré trois ans plus tôt : l'ancien prêtre de la paroisse. L'investigation confronte alors l'athéisme de Bones et les croyances de Booth...
À Baltimore, les autorités ont retrouvé le squelette d'un homme assassiné puis coulé dans le béton. La victime, Hugh Kennedy, appartenait à une famille du grand banditisme qu'aurait pu côtoyer le père de Brennan. Or, Booth découvre que Kennedy n'est pas mort, et en partant à sa recherche, se fait kidnapper. Brennan sollicite alors l'aide de son père pour sauver son coéquipier...
Un homme au squelette brisé en mille morceaux est découvert dans un champ en Floride. Il s'agit d'un ancien astronaute qui formait son successeur à l'Agence Spatiale. Cette enquête est l'occasion pour Brennan et Booth d'effectuer un vol en navette dans les conditions de l'apesanteur...
Un squelette étrangement luminescent est retrouvé dans une maison abandonnée. À l'Institut, personne n'est capable d'expliquer ce phénomène de phosphorescence des os. Après identification, Brennan est triste de travailler sur le meurtre d'une chef cuisinier chez qui elle aimait aller dîner. Le fiancé puis l'amant de la victime sont soupçonnés...
Lorsqu'un cadavre de petite taille est retrouvé à l'intérieur d'un entrepôt désaffecté, l'équipe du docteur Sorayan émet des hypothèses contradictoires : enfant ou personne âgée ? Lors de cette affaire, le père de Brennan réapparaît pour parler de sa famille. Enfin, Angela et Hodgins songent à se marier, mais rien ne se passe vraiment comme prévu...
Lynette demande à sa famille de l'aider durant sa grossesse. Bree soutient Katherine - dévastée par sa rupture avec Mike. Gaby suporte mal les intentions de John vis-à-vis d'Ana. Sortie du coma, Julie est incapable d'identifier son agresseur tandis que sa fille découvre certains de ses secrets...
Insultée par la femme d'un homme d'affaires, Gaby veut prouver à tous qu'elle est une bonne mère. Carlos propose un poste à Lynette qui accepte en dissimulant sa grossesse. Bree est outrée d'avoir été jugée par une femme de chambre pour sa liaison avec Karl. Susan et Katherine en viennent aux mains pour Mike. Danny confie à Julie l'arme qui a servi contre Katherine ; Angie tente de réparer les dégâts pour protéger son secret...
Alors que Bree décide de mettre un terme à sa relation avec Karl, celui-ci la demande en mariage. Juanita expulsée de son école, Gabrielle est contrainte de lui donner des cours à domicile. Lynette apprend que Tom triche aux examens. Katherine continue de vouloir séduire Mike, ce qui exaspère Susan. Angie profite de ces querelles pour semer le doute dans la tête de Susan, en la mettant en garde contre Katherine...
Lynette continue de dissimuler sa grossesse pour assurer sa promotion. Tandis que Gabrielle a des difficultés avec l'éducation de Juanita, Bob et Lee adoptent un bébé asiatique. Angie aide Bree pour préparer un repas italien. Julie confie son aventure avec Nick à Lynette, qui émet alors l'hypothèse que ce dernier pourrait être son agresseur...
Lynette est contrainte d'annoncer sa grossesse à Carlos qui, furieux, lui propose un poste à Miami. Gabrielle est prête à tout pour que Juanita soit admise dans une école catholique. Orson soupçonne Bree d'avoir une liaison. En plein doute au sujet de Karl, Bree se confie à Angie qui doit également gérer ses problèmes de couple. Après avoir tiré sur Katherine, Susan est condamnée à effectuer des travaux d'intérêt général...
Après une nouvelle agression, l'inquiétude grandit à Wisteria Lane et incite les femmes à suivre un cours d'auto-défense. Angie prépare sa famille à quitter le quartier avant que la véritable identité des Bolen ne soit découverte. Après avoir essuyé le rejet de Julie, Danny décide de mettre fin à ses jours. De son côté, Lynette est rétrogradée et engage un avocat pour défendre ses droits. Susan découvre la liaison entre Bree et Karl. Suite à une altercation avec Mike concernant MJ, Katherine va se venger d'une étrange manière...
Sur son lit d'hôpital, Danny confie le terrible secret de sa famille à l'infirmière qui, ensuite, fait chanter les Bolen. Carlos recouvre peu à peu la vue ; Gabrielle lui cache avoir vendu certaines de ses affaires pour payer leurs dettes. Bree et Orson ont décidé de divorcer. En voyant Karl, Orson pense que Bree l'a engagé comme avocat, loin de se douter qu'il est son amant et qu'il s'apprête à la demander en mariage. Alors que Wisteria Lane se prépare à fêter Noël, une terrible catastrophe se profile...
Après le crash de l'avion sur Wisteria Lane, les habitants du quartier déplorent les nombreuses pertes et songent à ce qu'aurait pu être leur destinée si leurs choix avaient été différents... Puis, la vie reprend. Bree fait la connaissance de la future belle-mère de son fils. Susan s'invite à une soirée avec son voisin gay. Carlos annonce à son épouse qu'il ne veut plus être masseur. Et les Scavo dissimulent la disparition de Porter en utilisant son jumeau, Preston...
Après les événements mortels survenus dans sa maison, la famille Abbott doit faire face au danger du monde extérieur et se battre en silence pour survivre. Forcés à s'aventurer en terrain inconnu, ils comprennent que les créatures qui attaquent au moindre son ne sont pas la seule menace qui se dresse sur leur chemin.
Daria Francis, agent du FBI, est envoyée dans une petite ville du Dakota pour enquêter sur la disparition de Maria Pritchard et de son fils Jonah. En compagnie de Colt Salter, un autre policier, Daria interroge Jackson, l'époux de Maria, qui fait figure de principal suspect et qui vit dans une maison isolée. Sur place, les deux agents découvrent des choses étranges...