Les survivants, civils, scientifiques et militaires, ont atterri sur un vaisseau Ancien, le Destinée, perdu à des millions d'années-lumière de la Terre. Le colonel Young, grièvement blessé, transmet le commandement du vaisseau au lieutenant Matthew Scott.
Après avoir accosté sur une planète inconnue et viable, une équipe part en explorer la surface à la recherche de minéraux capables de régénérer le système vital du Destinée, où l'air commence à manquer...
Le docteur Rush a travaillé toute la nuit pour trouver l'origine de l'épuisement de l'énergie du Destinée. Il prévient le colonel Young qu'il n'a pas trouvé la cause et que leurs jours sont comptés.
La situation est critique à bord du Destinée : le vaisseau n'a presque plus d'énergie et toutes les tentatives pour éviter la collision avec une étoile ont échoué.
Les réserves d'eau à bord du Destinée continuent de s'épuiser inexplicablement. Pour le docteur Rush, le seul moyen de se réapprovisionner en eau est de trouver une planète avec une source d'eau potable.
Avec l'aide du général O'Neill, le colonel Young tente une procédure de retour sur Terre extrêmement périlleuse pour l'équipage...
Alors qu'ils visitent une nouvelle planète à l'état de jungle, les membres de l'équipage sont surpris de trouver une kino à la Porte.
Le lieutenant Scott et Camille Wray utilisent les pierres de communication pour aller voir ceux qu'ils aiment sur Terre.
Tout le monde est choqué lorsqu'un membre de l'équipage est retrouvé dans sa chambre, mort d'une balle dans la tête. Si cela ressemble à un suicide, l'arme n'est pas retrouvée !
Grâce aux pierres de communication, le colonel Young se prépare à rendre son rapport sur Terre à propos des récents décès sur le Destinée. Mais lors de la communication, il est détourné à bord d'un vaisseau alien.
Depuis leur retour du vaisseau alien, Rush et Chloe font d'horribles cauchemars. Rush pense que les aliens ont caché un traceur subspatial sur le Destinée, leur permettant de les localiser à tout moment.
Le moral de l'équipage est toujours au plus bas, quand soudainement, le vaisseau rentre dans l'orbite d'une étoile inexplorée avec une seule planète dans son système solaire. Et pour la première fois, le compte à rebours ne s'enclenche pas...
Désobéissant au colonel Young, Rush teste lui-même le fauteuil ancien, espérant découvrir le code qui débloquerait le contrôle du Destinée avant qu'il n'explose.
La situation est catastrophique pour le colonel Young : Scott, Greer, Eli et Chloe n'ont pas réussi à regagner la Porte des étoiles avant qu'elle ne se referme ! Le Destinée a repris sa trajectoire, les laissant seuls sur cette planète inconnue.
Malgré tous les calculs du docteur Rush, le Destinée reste incontrôlable et va bientôt quitter la galaxie actuelle. Egalement en perte d'énergie, le vaisseau risque de partir à la dérive mettant en péril la survie de tout l'équipage.
Plusieurs membres de l'équipage sont victimes d'hallucinations très réalistes, liées à des personnes ou évènements très personnels : le lieutenant Scott voit son enfant, Chloe parle à son père décédé... T.J.
Le docteur Rush fait un rêve étrange au cours duquel il est une taupe qui divulgue des informations secrètes à l'Alliance luxienne et se retrouve dans la peau du colonel Telford.
Le docteur Rush a été capturé par l'Alliance luxienne, dirigée par Kiva, qui le force à coopérer pour obtenir les codes d'accès du Destinée, afin d'en prendre les commandes.
L'Alliance luxienne a envahi le Destinée en passant par la Porte des étoiles, faisant des otages et des morts dans les deux camps. Seuls Chloe et Eli sont libres et cachés dans une partie du vaisseau.
Le colonel Young et les militaires sont pris en otage par les membres de l'Alliance luxienne qui souhaitent les débarquer, avec les civils, sur la prochaine planète viable.
Telford et les membres de l'Alliance luxienne sont faits prisonniers. Avec ces nouveaux passagers, le Destinée commence à manquer de vivres et il faut rapidement trouver une planète fertile.
Les radars détectent un objet non identifié vers lequel fonce le Destinée. À son approche, l'équipage découvre qu'il s'agit d'une réplique du Destinée. Une fois les deux vaisseaux accostés, Young envoie une équipe en repérage.
Scott s'inquiète pour Chloe qui a un comportement de plus en plus étrange. En lisant son journal intime, il découvre qu'elle écrit en Ancien !
Au cours de l'exploration d'une planète, Scott se fait infecter par une créature mi-animale, mi-végétale. T.J. doit le soigner sur place pour ne pas qu'il contamine le reste de l'équipage car la lésion se propage très vite.
Le colonel Young, abattu par son divorce, fait chaque nuit le même rêve aboutissant toujours à la destruction totale du Destinée ! Ce n'est que lorsqu'il se reprend en mains que le vaisseau reprend sa route.
Rush et Young partent explorer un vaisseau abandonné, repéré par les radars du Destinée. À bord, ils découvrent la salle de contrôle et des capsules d'aliens vides, quand soudain le vaisseau se détache de l'orbite du Destinée.
En croyant tuer Ginn, Simeon tue également Amanda. Pour se sauver, il force Volker à composer une adresse et s'enfuit sur une planète par la Porte des étoiles. Immédiatement, une équipe part à ses trousses.
L'équipage est surpris quand il reçoit un message de la navette avec, à son bord, toutes les personnes laissées il y a un an sur la planète Eden. Ne sachant pas s'il s'agit bien d'eux ou d'une intervention alienne, Young les fait prisonniers.
Le Destinée repère une signature énergétique éloignée, sans doute synonyme de vie. Le vaisseau sort de PRL et se retrouve au milieu d'une multitude de débris de vaisseaux. Scott, Greer et Brody partent en exploration.
Chloe s'est échappée et a envoyé un message aux aliens qui l'avaient capturée et qui la cherchent depuis. Elle affirme que c'est pour faire diversion auprès des drones afin que le Destinée puisse attaquer le vaisseau-mère.
Pour le Destinée, c'est l'heure de faire le bilan des dégâts. De leur côté, Eli et Ginn ont trouvé comment créer un vortex dans une étoile afin de retourner sur Terre.
Wray et Greer vont sur Terre et échangent leur corps avec le sénateur Michaels et le docteur Covel, venus visiter le Destinée.
Le Destinée n'arrive plus à établir de connexion avec la Terre et personne ne sait si la bombe a pu être désamorcée à temps. Chacun se relaie autour des pierres de communication. Quand vient le tour de Chloe, la connexion remarche !
À Washington, le docteur McKay propose une solution pour ravitailler le Destinée. Pour cela, le SGC doit collaborer avec la planète Langara qui semble s'être alliée à l'Alliance luxienne.