Arrêté pour le braquage d'une banque, Michael Scofield est condamné à cinq ans d'emprisonnement. Refusant de se défendre pour alléger sa peine, Michael demande seulement d'être incarcéré près de chez lui. Il obtient d'être envoyé à Fox River, une prison d'État de niveau 1. Sur place, Michael cherche à entrer en contact avec un certain Lincoln Burrows : son frère…