Lincoln Burrows a été accusé du meurtre du frère de la vice-présidente des États-Unis et placé dans le quartier des condamnés à mort au pénitencier de Fox River. Malgré des preuves évidentes de sa culpabilité, son frère Michael Scofield est convaincu de son innocence. Michael braque alors une banque pour se faire incarcérer dans la même prison que son frère…