"Sydney se voit confier une nouvelle mission pour le SD-6 à Vienne. En effet, un agent du SD-6 basé en Autriche, Neil Haber a été assassiné par la triade, une coalition mafieuse dans la drogue et l'alcool et qui souhaite s'orienter dans le trafic d'armes. D'ailleurs, on apprend que cette organisation met au point des armes d'élites cachées dans un bunker sous le parlement de Budapest. La mission du SD-6 : obtenir des preuves de ce trafic.. Jack informe aussi Sydney de sa mission : elle doit pirater les dossiers de la CIA et télécharger pour le SD-6 de faux dossiers. Sydney se rend à Budapest et pénètre dans les locaux du parlement en prétextant qu'elle est là afin de compléter son arbre généalogique. Elle pirate l'ordinateur et télécharge les documents dans la salle de recherche et elle aperçoit un homme expliquant à des élèves comment assembler des armes. Pendant ce temps, Vaughn entre en contact avec Manolo Souza, un américain qui avait été chargé de transporter des explosifs à Madagascar. Il avoue avoir travailler pour Jack, ce qui confirme les soupçons de Vaughn. C'est Jack qui a commandité l'explosion du bâtiment à Madagascar. De retour au SD-6, Sydney lors d'un entretien avec Sloane, apprend que des enfants surdoués sont entraînés pendant des mois. Le KGB avait déjàdéveloppé des méthodes similaires. A la CIA, Vaughn rencontre une ""ex"" du KGB, Valerie Kolakov. Sydney souhaiterait entrer en contact avec Kolakov à Buenos Aires malgré les réticences de son père. De retour à la maison, elle fait un rêve troublant : elle se revoit enfant avec une arme à la main qu'elle remet à son père . Elle en parle avec lui et découvre qu'il l'a entraîné enfant de façon à être programmée pour devenir un agent secret."